Bukti penyebaran klonal jarak jauh dan rendahnya keragaman genom rumput Kikuyu dari peternakan dataran tinggi setelah satu abad diperkenalkan secara sengaja di Kolombia

Abstrak
Rumput Kikuyu diperkenalkan ke Kolombia pada tahun 1928 sebagai pakan ternak di dataran tinggi. Meskipun keragaman genetiknya rendah, rumput ini menunjukkan variasi fenotipe yang substansial di Kolombia, Amerika Serikat, dan Australia. Oleh karena itu, masih belum jelas apakah peningkatan produktivitas ternak di dataran tinggi Kolombia harus mencakup program seleksi. Untuk mengatasi kesenjangan ini, kami menganalisis keragaman menggunakan pustaka genom dengan representasi yang dikurangi dari 146 sampel dari peternakan di enam lokasi pada tiga ketinggian yang berbeda. Kami mengidentifikasi 514 dan 41 polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) melalui pemanggilan SNP berdasarkan genom utuh tetraploid menggunakan strategi de novo dan genom referensi haploid kloroplas, masing-masing. Data menunjukkan klonalitas jarak jauh, keragaman genom yang tidak signifikan dalam kelompok, dan diferensiasi genetik yang rendah di antara kelompok yang tidak terkait dengan lokasi pengambilan sampel, yang berkisar dari satu hingga lima klaster, tergantung pada strategi pemanggilan SNP dan ambang batas data yang hilang. Kami menyimpulkan bahwa pola keragaman rendah ini sejalan dengan riwayat petani yang menyebarkan sampel rumput Kikuyu secara bertahap ke jarak yang jauh, mencegah isolasi lokal 96 tahun setelah kedatangan dan menutupi dampak reproduksi seksual. Karena hukum Kolombia melarang impor varietas asing, program seleksi harus difokuskan pada perluasan keragaman genetik berdasarkan pemahaman yang lebih mendalam tentang strategi reproduksi menggunakan teknik omik modern dan mengembangkan strategi pengelolaan yang optimal.

Ringkasan Bahasa Sederhana
Rumput Kikuyu, yang diperkenalkan ke Kolombia pada tahun 1928 untuk penggembalaan ternak, kini mendominasi pertanian dataran tinggi karena daya adaptasinya. Studi ini meneliti keragaman genetiknya di Kolombia, yang mengungkap reproduksi klonal yang luas dan variasi genetik minimal di antara sampel dari berbagai wilayah dan ketinggian. Keragaman yang rendah ini berasal dari pengenalan kumpulan genetik yang terbatas dan penyebaran melalui perbanyakan vegetatif oleh petani. Rumput Kikuyu tumbuh subur di berbagai lingkungan, yang menjadi model untuk memahami bagaimana poliploidi dan reproduksi aseksual membantu daya adaptasi. Mengingat keragaman genetik yang rendah di negara-negara tempat spesies ini diperkenalkan, program seleksi dan pemuliaan global diperlukan untuk memahami arsitektur genomiknya, termasuk apomiksis fakultatif, dan untuk mengembangkan strategi guna memperluas keragaman genomiknya. Sementara itu, disarankan untuk mengoptimalkan strategi pengelolaan penggembalaan.