Studi asosiasi genomik tentang sifat-sifat baru yang berhubungan dengan profitabilitas peternakan sapi Nelore

Abstrak
Studi ini bertujuan untuk melakukan studi asosiasi genom secara luas untuk mengidentifikasi daerah genom yang terkait dengan sifat-sifat profitabilitas pada sapi potong Nelore. Set data tersebut mencakup 3614 catatan fenotipik akumulasi profitabilitas feedlot (AFP) dan laba per 15 kg pertambahan berat hidup (PFT) dari hewan yang lahir antara tahun 2020 dan 2022, yang berpartisipasi dalam program pembiakan Nelore Brasil dari National Association of Breeders and Researchers. Dari total ini, 2127 hewan digenotipe dengan panel SNP Clarifide® Nelore 3.0. Setelah kontrol kualitas, 2127 hewan yang digenotipe dan 35.658 SNP tetap berada dalam set data untuk analisis. Pendekatan langkah tunggal tertimbang untuk metodologi asosiasi genom secara luas digunakan untuk mengidentifikasi daerah genom yang terkait dengan AFP dan PFT. Model hewan sifat tunggal diterapkan untuk memprediksi nilai genetik, dan solusi efek SNP diperoleh dari nilai-nilai ini. Jendela genomik dari jendela geser 10-SNP yang menjelaskan >0,5% dari varians genetik aditif dari setiap sifat dipilih untuk menyelidiki gen kandidat potensial. Sebanyak 83 gen dalam 21 jendela dan 268 gen dalam 52 jendela yang terkait dengan AFP dan PFT diidentifikasi, masing-masing. Beberapa gen yang terkait dengan kesuburan, efisiensi pakan, sifat karkas, perkembangan dan metabolisme otot dan jaringan adiposa, serta metabolisme lipid dan karbohidrat diidentifikasi, bersama dengan gen yang terkait dengan perilaku hewan. Hasil penelitian mengungkapkan bahwa mengidentifikasi daerah genomik dan masing-masing gen kandidatnya berkontribusi secara substansial terhadap pemahaman yang lebih baik tentang mekanisme genetik mengenai fenotipe baru yang terkait dengan profitabilitas pada sapi potong Nelore.